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故事發(fā)生在東京八丈島近海這里建成了一座連接了全球各地警方監(jiān)控?cái)z像的海洋設(shè)施“太平洋浮標(biāo)”在這座設(shè)施正式啟動(dòng)之前為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯(lián)網(wǎng)世界各國(guó)的IT工程師來(lái)到現(xiàn)場(chǎng)而與此同時(shí)一項(xiàng)應(yīng)用了人臉識(shí)別系統(tǒng)的“新技術(shù)”的測(cè)試也在進(jìn)行中……另一方面柯南和少年偵探團(tuán)在園子的招待下來(lái)到八丈島賞鯨此時(shí)柯南接到來(lái)自沖矢昂（赤井秀一）的電話被告知?dú)W洲刑警組織的成員在德國(guó)遭到琴酒的殺害為調(diào)查真相柯南偷偷混進(jìn)了前往“太平洋浮標(biāo)”進(jìn)行警備工作的黑田兵衛(wèi)等警視廳人員乘坐的警備艇中進(jìn)入設(shè)施內(nèi)部之后在為系統(tǒng)啟動(dòng)而穩(wěn)步展開(kāi)準(zhǔn)備工作的設(shè)施內(nèi)發(fā)生了案件——一名女性工程遭到黑衣組織的綁架而她手中裝有某些情報(bào)的U盤也落到了黑衣組織的手里海中傳來(lái)令人毛骨悚然的螺旋槳聲而此時(shí)身在八丈島的灰原哀身邊也正有黑影在悄悄靠近……